(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

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    • gi|51472771|ref|XP_497480.1|_19:122 PREDICTED: similar to Gamma-aminobutyric-acid receptor alpha-5 subunit precursor (GABA(A) receptor) [Homo sapiens]
    • gi|9800612|gb|AAB33997.2|_2:56 nicotinic acetylcholine receptor long gamma subunit isoform; nAcChoR l gamma [Mus sp.]
    • gi|48096805|ref|XP_394777.1|_26:104 similar to nicotinic acetylcholine receptor alpha chain precursor - chicken [Apis mellifera]
    • gi|50779198|ref|XP_427413.1|_1:57 PREDICTED: similar to alpha 10 subunit of nicotinic acetylcholine receptor, partial [Gallus gallus]
    • gi|50730566|ref|XP_425580.1|_256:311 PREDICTED: similar to Gamma-aminobutyric-acid receptor gamma-3 subunit precursor (GABA(A) receptor) [Gallus gallus]
    • gi|57085667|ref|XP_546264.1|_34:89 PREDICTED: similar to gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, beta 2 isoform 1 [Canis familiaris]
    • gi|50730566|ref|XP_425580.1|_757:817 PREDICTED: similar to Gamma-aminobutyric-acid receptor gamma-3 subunit precursor (GABA(A) receptor) [Gallus gallus]
    • gi|55641691|ref|XP_523020.1|_36:83 PREDICTED: similar to Gamma-aminobutyric-acid receptor gamma-3 subunit precursor (GABA(A) receptor) [Pan troglodytes] 
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   1 .W.....N.....V.S..E....Y..P..G.....V....KT.V....R.....F...P.....D
   2 .W.....N.....P.A..D....F..G..N.....I....TS.L....R.....V...P.....S
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 151 Y..K.SS..C.TI.D.....VT...F..F..P.F.D...LQ...N.....C..S.MKFG...S..
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 523 F..R.SS..C.SI.S.....VK...Y..F..P.F.D...WQ...N.....C..T.LKFT...S..
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 527 I..T.AS..C.PM.N.....LQ...Y..F..P.M.D...RQ...L.....C..H.IEIE...S..
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 530 I..T.AS..C.PM.N.....LQ...Y..F..P.M.D...RQ...L.....C..H.IEIE...S..
 531 I..T.AS..C.PM.N.....LQ...Y..F..P.M.D...RQ...L.....C..H.IEIE...S..
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 534 Y..K.SF..C.PI.D.....VT...W..F..P.Y.D...SQ...K.....C..E.MKFG...T..
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 715 M..Q.FS..C.SL.S.....MT...W..F..P.Y.D...EQ...V.....C..Y.LKFG...S..
 716 Y..K.SS..C.II.D.....VE...F..F..P.F.D...EQ...V.....C..T.LVFG...S..
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 718 Y..K.SS..C.II.D.....VE...F..F..P.F.D...EQ...V.....C..T.LVFG...S..
 719 V..T.AM..C.NM.D.....LS...R..F..P.L.D...TQ...T.....C..S.LEIE...S..
 720 L..T.LA..C.PM.N.....LK...L..Y..P.L.D...RQ...I.....C..S.LRMA...S..
 721 S..T.VA..C.DM.D.....LA...K..Y..P.M.D...EQ...E.....C..M.LHLE...S..
 722 T..T.LA..C.MM.D.....LH...Y..Y..P.L.D...SQ...N.....C..T.VEIE...S..
 723 T..T.LA..C.MM.D.....LH...Y..Y..P.L.D...SQ...N.....C..T.VEIE...S..
 724 T..T.LA..C.MM.D.....LH...Y..Y..P.L.D...SQ...N.....C..T.VEIE...S..
 725 L..T.LA..C.PM.N.....LK...L..Y..P.L.D...RQ...I.....C..S.LRMA...S..
 726 S..T.VA..C.DM.D.....LA...K..Y..P.M.D...EQ...E.....C..M.LDLE...S..
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 728 T..D.IT..C.DL.Q.....ME...K..F..P.Y.D...QQ...I.....C..F.IMLA...S..
 729 S..T.LS..C.SM.N.....LR...N..F..P.L.D...SQ...N.....C..T.VEIE...S..
 730 S..T.LS..C.SM.N.....LR...N..F..P.L.D...SQ...N.....C..T.VEIE...S..
 731 S..T.LS..C.SM.N.....LR...N..F..P.L.D...SQ...N.....C..T.VEIE...S..
 732 L..V.LS..C.PM.S.....LE...Y..Y..P.L.D...RQ...T.....C..L.IDLA...S..
 733 S..T.VA..C.DM.D.....LA...K..Y..P.M.D...EQ...E.....C..M.LDLE...S..
 734 L..I.LS..C.PM.D.....LK...N..F..P.M.D...VQ...T.....C..T.MQLE...Sc2
 735 Y..K.SA..C.KI.E.....VK...Y..F..P.F.D...QQ...N.....C..T.LKFR...S..
 736 Y..K.SS..C.LI.D.....VE...F..F..P.F.D...EQ...V.....C..S.LTFG...S..
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 741 L..T.LA..C.PM.N.....LK...L..Y..P.L.D...RQ...I.....C..S.LRMA...S..
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 743 T..D.IT..C.DL.Q.....ME...K..F..P.Y.D...QQ...I.....C..F.IMLA...S..
 744 T..D.IT..C.DL.Q.....ME...K..F..P.Y.D...QQ...I.....C..F.IMLA...S..
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 746 T..T.LA..C.MM.D.....LH...Y..Y..P.L.D...SQ...N.....C..T.VEIE...S..
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 752 S..T.VA..C.DM.D.....LA...K..Y..P.M.D...EQ...E.....C..M.LDLE...S..
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 789 S..T.VA..C.DM.D.....LA...K..Y..P.L.D...EQ...E.....C..M.LDLE...S..
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 798 I..S.AE..C.PM.R.....LV...D..F..P.M.D...GH...A.....C..P.LKFG...S..
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 800 F..K.ST..C.KI.D.....IT...W..F..P.F.D...DQ...R.....C..E.MKFG...S..
 801 F..R.SS..C.PI.R.....VR...Y..Y..P.F.D...DQ...Q.....C..D.LKFA...S..
 802 F..R.SS..C.PI.R.....VR...Y..Y..P.F.D...DQ...Q.....C..D.LKFA...S..
 803 S..T.LS..C.SM.N.....LR...N..F..S.L.D...SQ...N.....C..T.VEIE...S..
 804 V..T.AT..C.PM.D.....LK...L..F..P.M.D...SQ...H.....C..K.LEIE...Sc1
 805 I..T.SS..C.HM.Q.....LQ...L..Y..P.L.D...LQ...F.....C..D.FDLV...S..
 806 Y..K.SS..C.LI.D.....VE...F..F..P.F.D...EQ...V.....C..S.LTFG...S..
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 810 V..K.AK..C.QM.D.....MS...R..Y..P.L.D...KQ...A.....C..R.LVIG...S..
 811 V..K.AK..C.QM.D.....MS...R..Y..P.L.D...KQ...A.....C..R.LVIG...S..
 812 Y..R.ST..C.AV.E.....VT...Y..F..P.F.D...WQ...N.....C..S.LIFR...S..
 813 Y..R.ST..C.AV.E.....VT...Y..F..P.F.D...WQ...N.....C..S.LIFR...S..
 814 T..T.VA..C.NM.D.....LT...K..Y..P.M.D...KQ...T.....C..T.LQLE...S..
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 816 Y..R.LS..C.KI.Q.....VV...W..F..P.F.D...VQ...E.....C..F.LKFG...S..
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 818 I..K.AT..C.PM.E.....LQ...N..F..P.M.D...RQ...S.....C..P.LVIG...S..
 819 T..T.LA..C.MM.D.....LH...N..Y..P.L.D...HQ...E.....C..T.VEIE...S..
 820 T..T.LA..C.MM.D.....LH...N..Y..P.L.D...HQ...E.....C..T.VEIE...S..
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 854 F..R.SS..C.PI.R.....VR...Y..Y..P.F.D...DQ...Q.....C..D.LKFA...S..
 855 V..T.AL..C.SM.D.....FS...S..F..P.L.D...TQ...N.....C..S.LELE...S..
 856 I..D.AR..C.SL.H.....ML...N..F..P.M.D...SH...S.....C..P.LSFS...S..
 857 I..D.AR..C.SL.H.....ML...N..F..P.M.D...SH...S.....C..P.LSFS...S..
 858 V..S.AM..C.FM.D.....FS...R..F..P.L.D...TQ...N.....C..S.LELE...Sc3
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 860 F..K.ST..C.KI.D.....IT...W..F..P.F.D...DQ...R.....C..E.MKFG...S..
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 863 T..T.AA..C.MM.D.....LR...R..Y..P.L.D...EQ...N.....C..T.LEIE...S..
 864 L..I.LT..C.GM.D.....LT...L..F..P.F.D...TQ...L.....C..K.MGFE...S..
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 870 L..I.LS..C.PM.D.....LK...N..F..P.M.D...SQ...T.....C..T.MQLE...S..
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 872 F..R.SS..C.PI.R.....VR...Y..Y..P.F.D...DQ...Q.....C..D.LKFA...S..
 873 I..H.AE..C.PM.H.....LE...D..F..P.M.D...VH...A.....C..P.LKFG...S..
 874 I..K.TK..C.LM.F.....LK...K..F..P.M.D...VQ...A.....C..P.IEIG...S..
 875 L..T.SS..C.PM.R.....LQ...L..Y..P.L.D...YQ...S.....C..N.FDLV...S..
 876 L..T.SS..C.PM.R.....LQ...L..Y..P.L.D...YQ...S.....C..N.FDLV...S..
 877 L..T.GP..C.DM.K.....LK...R..F..P.F.D...KQ...K.....C..Y.LTFE...S..
 878 I..D.AR..C.SL.H.....ML...N..F..P.M.D...SH...S.....C..P.LSFS...S..
 879 I..D.AR..C.SL.H.....ML...N..F..P.M.D...SH...S.....C..P.LSFS...S..
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 885 Y..D.AF..C.NI.D.....IE...W..Y..P.Y.D...LQ...I.....C..E.LKFG...S..
 886 L..T.GP..C.DM.K.....LK...R..F..P.F.D...KQ...K.....C..Y.LTFE...S..
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 890 Y..T.IT..C.RL.N.....IR...F..F..P.Y.D...RQ...N.....C..T.LTIS...S..
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 892 Y..K.IS..C.LL.N.....LK...Y..F..P.F.D...TQ...T.....C..R.MTFG...S..
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 894 L..K.LS..C.IM.N.....FA...I..Y..P.H.D...TQ...E.....C..K.LQME...S..
 895 L..K.LS..C.IM.N.....FA...I..Y..P.H.D...TQ...E.....C..K.LQME...S..
 896 L..K.LS..C.IM.N.....FA...I..Y..P.H.D...TQ...E.....C..K.LQME...S..
 897 L..K.LS..C.IM.N.....FA...I..Y..P.H.D...TQ...E.....C..K.LQME...S..
 898 F..K.ST..C.KI.D.....IT...W..F..P.F.D...DQ...R.....C..E.MKFG...S..
 899 F..K.ST..C.KI.D.....IT...W..F..P.F.D...DQ...R.....C..E.MKFG...S..
 900 S..T.GP..C.VM.D.....LT...K..F..P.M.D...SI...E.....C..T.LTFE...S..
 901 S..T.GP..C.VM.D.....LT...K..F..P.M.D...SI...E.....C..T.LTFE...S..
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 100 E..F...Y..M..S..V.....E....W..DI..L.....E..V.P.A.....VRN..E..KF.Y
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1278 E..G...L..T..L..P.....Q....F..LL..Ke....E..K.D.L.....RYC..T..KH.Y
1279 D..I...Vq.E..H..S.....P....W..VV..V.....E..K.T.M.....STS..N..L-.-
1280 V..F...M..N..Q..G.....E....W..EL..L.....G..V.L.T.....QYR..R..FS.M
1281 N..Y...M..Q..S..G.....E....W..AL..K.....D..Y.R.G.....FWH..S..VN.Y
1282 N..F...M..E..S..G.....E....W..VI..K.....E..A.R.G.....WKH..W..VF.Y
1283 P..F...V..-..-..S.....G....W..KI..E.....D..V.E.V.....VSI..Th.SP.D
1284 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1285 N..F...M..E..S..G.....E....W..VI..K.....E..S.R.G.....WKH..W..VF.Y
1286 N..F...M..E..S..G.....E....W..VI..K.....E..A.R.G.....WKH..R..VI.Y
1287 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1288 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1289 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1290 S..Y...Fs.G..N..A.....E....W..YL..F.....N..V.T.V.....RHM..T..FE.E
1291 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1292 N..F...M..E..S..G.....E....W..VI..K.....E..A.R.G.....WKH..N..VT.Y
1293 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1294 Q..Ye..I..A..H..G.....Tm...W..TV..M.....N..M.T.L.....ETH..T..AI.D
1295 E..K...I..A..L..P.....Q....F..DI..Kke...D..I.E.Y.....GNC..T..KY.Y
1296 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1297 V..F...V..T..N..G.....E....W..SL..A.....D..I.Q.I.....SPF..T..LS.L
1298 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1299 E..K...I..A..L..P.....Q....F..DI..Kke...D..I.E.Y.....GNC..T..KY.Y
1300 D..G...S..R..L..N.....Q....Y..HL..M.....G..Q.T.V.....GTE..N..IS.T
1301 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1302 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
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1304 E..F...Y..L..S..V.....E....W..DL..L.....E..V.P.A.....IRN..E..EF.Y
1305 P..L...P..G..C..P.....RpcapW..RL..A.....A..F.G.L.....CFW..G..GF.V
1306 E..F...Y..T..S..V.....E....W..DI..L.....E..V.P.A.....VRN..E..KF.Y
1307 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1308 S..F...R..T..R..R.....E....W..VL..L.....G..I.-.-.....QKR..T..IK.V
1309 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1310 R..I...E..G..N..S.....E....W..EL..I.....S..I.T.T.....VRS..D..NY.D
1311 G..Y...C..-..N..P.....K....F..EN..L.....E..H.R.A.....---..-..--.-
1312 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1313 D..Y...Y..L..S..V.....E....W..DI..M.....R..V.P.A.....VRY..E..KF.Y
1314 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
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1316 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
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1326 R..Ysh.I..S..S..K.....Q....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1327 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1328 P..G...V..GsdL..P.....N....F..LL..T.....S..IeT.N.....HEC..T..SH.T
1329 D..Y...W..K..S..G.....T....W..DI..I.....E..V.P.A.....YLN..V..YQ.E
1330 P..F...L..T..N..S.....E....W..-I..Y.....G..-.-.-.....---..-..--.-
1331 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
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1335 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1336 E..G...L..T..L..P.....Q....F..IL..R.....De.K.D.L.....GCC..T..KH.Y
1337 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1338 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1339 S..E...V..E..L..P.....Q....F..RV..L.....G..H.R.Q.....RAT..E..IN.L
1340 S..E...V..S..L..P.....Q....F..KV..L.....G..H.R.Q.....RAM..E..IS.L
1341 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1342 S..E...V..E..L..P.....Q....F..RV..L.....G..H.R.Q.....RAT..E..IN.L
1343 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1344 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1345 S..E...V..S..L..P.....Q....F..KV..L.....G..H.R.Q.....RAM..E..IS.L
1346 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
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1350 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1351 D..Qks.W..R..L..Y.....Q....F..DF..M.....G..L.R.N.....TSE..I..VN.T
1352 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-
1353 -..-...-..-..-..-.....-....-..--..-.....-..-.-.-.....---..-..--.-


        190                                   200                      
         |                                     |                      
   1 ..E.C...C.....K..E.....P....Y.PD....V....TF.T.....V.....T.M....R.
   2 ..D.C...C.....A..E.....I....Y.PD....V....TY.Y.....F.....V.I....R.
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   9 ..D.C...C.....A..E.....I....Y.PD....V....TY.Y.....F.....V.I....R.
  10 ..D.C...C.....A..E.....I....Y.PD....V....TY.Y.....F.....V.I....R.
  11 ..D.C...C.....A..E.....I....Y.PD....V....TY.A.....F.....V.I....R.
  12 ..D.C...C.....T..E.....I....Y.PD....I....TF.Y.....F.....V.I....R.
  13 ..E.C...C.....A..E.....I....Y.PD....I....TY.A.....F.....I.I....R.
  14 ..E.C...C.....A..E.....I....Y.PD....I....TY.A.....F.....I.I....R.
  15 ..E.C...C.....A..E.....I....Y.PD....I....TY.A.....F.....I.I....R.
  16 ..D.C...C.....H..E.....I....Y.PD....I....TY.F.....F.....I.I....R.
  17 ..E.C...C.....A..E.....I....Y.PD....I....TY.A.....F.....I.I....R.
  18 ..E.C...C.....A..E.....I....Y.PD....I....TY.A.....F.....I.I....R.
  19 ..E.C...C.....A..E.....I....Y.PD....I....TY.A.....F.....I.I....R.
  20 ..E.C...C.....A..E.....I....Y.PD....I....TY.A.....F.....I.I....R.
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  22 ..D.C...C.....A..E.....I....Y.PD....V....TY.A.....F.....I.I....R.
  23 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
  24 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
  25 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
  26 ..E.C...C.....T..E.....I....Y.SD....I....TY.Y.....F.....I.I....R.
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  28 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
  29 ..E.C...C.....T..E.....I....Y.PD....I....TY.S.....F.....I.I....R.
  30 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
  31 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
  32 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
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  37 ..A.C...C.....P..E.....P....Y.VD....I....TF.T.....I.....Q.I....R.
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  41 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
  42 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.TD....I....TY.S.....F.....Y.I....R.
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  79 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.PD....I....TY.S.....L.....Y.I....R.
  80 ..N.C...C.....E..E.....I....Y.PD....I....TY.S.....L.....Y.I....R.
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  82 ..A.C...C.....P..E.....P....Y.VD....I....TF.T.....I.....Q.I....R.
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  85 ..T.C...C.....E..E.....P....Y.LD....I....TF.N.....I.....T.M....R.
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 117 ..G.-...-.....F..Y.....S....Y.PF....V....TY.S.....F.....V.L....R.
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 120 ..G.-...-.....I..Y.....W....Y.PF....V....TY.S.....F.....I.L....K.
 121 ..E.-...-.....V..Y.....W....Y.PF....V....TY.S.....F.....I.L....K.
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 131 ..E.C...C.....K..E.....P....Y.PD....V....TF.T.....V.....T.M....R.
 132 ..E.C...C.....K..E.....P....Y.PD....V....TF.T.....V.....T.M....R.
 133 ..E.C...C.....K..E.....P....Y.PD....V....TF.T.....V.....T.M....R.
 134 ..N.C...C.....P..E.....P....Y.ID....I....TF.A.....I.....I.I....R.
 135 ..N.C...C.....P..E.....P....Y.ID....I....TF.A.....I.....I.I....R.
 136 ..S.C...C.....-..-.....W....Y.PC....I....TY.S.....F.....V.I....K.
 137 ..S.C...C.....-..-.....W....Y.PC....I....TY.S.....F.....V.I....K.
 138 ..T.C...C.....D..E.....P....Y.LD....I....TF.N.....I.....T.M....R.
 139 ..E.C...C.....K..E.....P....Y.PD....V....TF.T.....V.....T.M....R.
 140 ..E.C...C.....K..E.....P....Y.PD....V....TF.T.....V.....T.M....R.
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   1 RRT.....
   2 RLPlfy..
   3 RLPlfy..
   4 RLPlsy..
   5 RLPlfy..
   6 RLPlfy..
   7 RLPlfy..
   8 RLPlfy..
   9 RLPlfy..
  10 RLPlfy..
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  35 RLPlfy..
  36 RRTlyy..
  37 RRTlyy..
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  39 RRTlyy..
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  44 RKTlfy..
  45 RLPlfy..
  46 RRTlyy..
  47 RKTlfy..
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 515 RSMgyy..
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1102 ---.....
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1105 RDVgfh..
1106 RDSarf..
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1108 KKGrse..
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1110 ---.....
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1272 RNAvyf..
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